1998年8月，国务院正式批转《证监会证券监管机构体制改革方案》（国发[1998]29号），明确提出"建立全国统一、高效的证券期货监管体系，理顺中央和地方监管部门的关系，实行由证监会垂直领导的管理体制”。1998年10月，中国证监会与吉林省人民政府和长春市人民政府正式签订了交接备忘录。至此，吉林省证券监督管理办公室和长春市证券监督管理委员会合并正式划归中国证监会垂直领导。1999年7月1日，中国证监会长春证券监管特派员办事处正式挂牌成立，在中国证监会的直接领导下，负责对吉林辖区证券期货市场的监管。2004年3月1日统一更名为中国证券监督管理委员会吉林监管局。
